О происхождении капоэйры - африканском или бразильском - спорят и по сей день. К сожалению, ранние дни капоэйры окутаны мраком неизвестности, так как существует всего несколько документов, относящихся к тому периоду, в которых упоминается капоэйра, и все исследования в этой области находятся в начальной стадии.

В 1500 году португальцы под предводительством конкистадора Педро Кабрала (Pedro Alves Cabral), прибыли в Бразилию. В числе первостепенных задач новоприбывших было подчинение местного населения - бразильских индейцев - для того, чтобы обеспечить португальцев даровой рабочей силой. Это предприятие быстро потерпело крах - индейцы быстро умирали в неволе или убегали в свои, находящиеся неподалеку, поселения. Тогда португальцы начали ввозить рабов из Африки. Тысячи африканцев прибывали, неся с собой самобытную и отличную от европейской культуру. Игра капоэйра - небольшая часть этого наследия . Согласно наиболее популярной (хотя не выдерживающей серьезной критики) теории происхождения капоэйры она зародилась в Киломбо дос Пальмарес (поселении беглых рабов). После его разгрома карательной экспедицией португальцев капоэйра продолжала развиваться чернокожими на плантациях, замаскированная под танец, чтобы им можно было заниматься под носом у белых рабовладельцев.

Наиболее корректно к имеющейся информации истоки капоэйры выглядят следующим образом: синтез танцев, боевых систем и музыкальных инструментов различных культур и различных районов Африки, каковой состоялся на бразильской почве, скорее всего в Сальвадоре, столице штата Байя, в условиях рабовладения, по всей вероятности, в девятнадцатом столетии. Примерно с 1814 г. капоэйра и другие проявления африканской культуры подвергались репрессиям, а кое-где и запрещались хозяевами рабов и надзирателями. До этого на традиции африканской культуры смотрели сквозь пальцы, а иногда даже поощряли, отчасти для уменьшения внутреннего напряжения, порождаемого рабством, отчасти, чтобы внести отчуждение между разными этническими группами африканцев. Документированный этап, своего рода новая история капоэйры начинается подписанием Золотого Закона в 1888 г., который отменил рабство. Через четыре года в 1892 г. практика капоэйры была запрещена первой конституцией Бразильской Республики. В это время по-видимому сформировались две линии развития капоэйры. В преступной среде крупных городов Рио-де-Жанейро и Ресифи капоэйра сохранила только ее первоначальный боевой аспект и была искоренена силами полиции в начале двадцатого века. В Байе ритуализованный танец-поединок, вбирающий в себя другие элементы африканской культуры оказался более жизнеспособным хотя и там капоэйрист ассоциировался с хулиганом - игра часто превращалась в драку, в дело шли ножи, и все кончалось кровопролитием. Технически капоэйра того времени имела мало общего с сегодняшней - акробатические прыжки, перемещения у земли, удары ногами и музыкальный инструмент, под названием berimbau, стали неотъемлемой частью этого искусства видимо только в двадцатом веке.

Позднее, в 30-е годы XX века, в Сальвадоре, Mestre Bimba (Manoel dos Reis Machado - 1900-1974) открыл первую академию капоэйры (1932). Это стало возможным благодаря националистической политике диктатора Гетулио Варгаса (Getulio Vargas), способствовавшего распространению капоэйры как бразильского национального вида спорта. С этого момента Бимба начал преподавать капоэйру в своем Centro de Cultura Fisica Regional Baiano. В 1941 г. Mestre Pastinha (Vicente Ferreira Pastinha - 1889-1981) открыл свою школу capoeira Angola. Впервые в истории стало возможным обучать капоэйре и практиковать ее открыто.