Привет!
Не знаю, есть ли тут веб дизайнеры\программисты или люди, которые шарят в этом, но вопрос именно к ним.
На FTP многих сайтов встречаются файлы с расширением tpl. Что это за файлы? Я приблизительно понимаю что там хранится html разметка, но почему большинство сайтов используют их, а не пишут все прямо в файлах php?
Пытался найти в гугле но там в основном все типа *пишите все в tpl, потому что так делают все*.

.tpl пишут для шаблонов. Его гораздо сложнее скопировать/взломать. В php дизайн мало кто пишет, в основном объекты. Шаблоны пишут в html но поскольку их можно скопировать одним нажатием мышки по этому - используют .tpl

В программировании есть такой подход - MVC. Если кратко, то это разделение логики, дизайна и данных на отдельные модули. Если интересно, найдешь в гугле. Так вот эти движки как раз используют данный подход. Дизайнеру на много легче работать с такими файлами, чем рыться в коде. Формат tpl чисто для отличия, что бы было понятно что отвечает за дизайн, а что за программирование.

угу, тогда еще вопрос:
Как быть с динамическими шаблонами? Вот если для авторизированых пользователей нужно выводить ссылку на профиль, а для гостей кнопку на вход, то это делать уже в php файле или функцию можно поместить в tpl?

Лучше в php файле. Вот тебе пример шаблонизатора, посмотри как он работает. А вообще не стесняйся использовать готовые решения)